Pyrzyce to miejscowość, która stanowiła istotny element na chrześcijańskiej mapie Pomorza Zachodniego. Kościół Najświętszej Maryi Panny Bolesnej jest najstarszą tutejszą świątynią.
W czerwcu 1124 roku, biskup Otton z Bambergu chrzci setki mieszkańców Pyrzyc i okolic. Ponadto, w miejscu pogańskiej świątyni na Chramowym Wzgórzu, każe wybudować chrześcijański kościół misyjny. Kościół NMPB jest pozostałością po zakonie sióstr Augustianek.
W połowie XIII wieku, księżna Małgorzata sprowadza mniszki z Wulwighausen. Świątynia budowana od około 1260 roku, po czym połączona została od południa z dwoma skrzydłami klasztoru. W 1553 roku miał miejsce pożar, przez co doszło do częściowego zniszczenia klasztoru. W 1588 roku dokonano remontu i przejęto kościół przez ewangelików jako parafialny dla Starego Miasta. Przez lata dochodziło także do innych uszkodzeń, takich jak zawalenie dachu, czy zniszczenie wieży przez huragan.
Do 1945 roku zachowało się wiele elementów dawnego wyposażenia, m.in.: barokowy ołtarz z wykorzystaniem malowideł z wcześniejszej, renesansowej zastawy, barokowa ambona przy południowej ścianie z plastycznymi figurami Salvadora Mundi i Ewangelistów na ściankach korpusu oraz figurami putt z Arma Christi w zwieńczeniu baldachimu, czy misa chrzcielna. W 1945 roku kościół został zniszczony w czasie walk o miasto. W latach 1989-1991 miała miejsce odbudowa kościoła.

Pod względem architektonicznym jest to świątynia wczesnogotycka, murowana z cegły w wątku wendyjskim, na cokole z kamienia łupanego. Budynek jest orientowany, zbudowany został na planie prostokąta. Posiada ostrołukowe otwory okienne, w ścianach wschodniej i zachodniej wielkie dwukondygnacyjne, trójdzielne okna, a w ścianach bocznych mniejsze okna dwudzielne.