Ta świątynia uchodzi za jedną z najpiękniejszych w regionie. Jej elewację i wnętrza charakteryzują niezwykle bogate zdobienia. Jest też szczecińskim symbolem chrześcijaństwa – był to pierwszy, w protestanckim wówczas mieście, kościół katolicki.
Gdy na Pomorzu dominował protestantyzm, w Szczecinie istniała mniejszościowa grupa katolików. Nabożeństwa odbywały się w prywatnym domu na Łasztowni. Tak zaczynała pierwsza tutejsza parafia rzymskokatolicka. Było to przedsięwzięcie prekursorskie nie tylko w mieście, ale również na całym Pomorzu Zachodnim.
Pod koniec XVIII wieku miejscowa gmina katolicka liczyła 185 osób "cywilnych". A należeli do niej także żołnierze stacjonującego w mieście garnizonu – było ich ponad 700. Pochodzili głównie z Pomorza Gdańskiego, Wielkopolski i Śląska. W 1805 roku gmina uzyskała status parafii - pierwszej rzymskokatolickiej w Szczecinie.

Budowa świątyni według projektu berlińskiego architekta, Engelberta Seibertza, zakończyła się w 1890 roku. Na koniec września została poświęcona i oddana do użytku. Aż do zakończenia II wojny światowej, nie było w Szczecinie innego kościoła katolickiego. Co czwartą niedzielę odbywała się tutaj msza w języku polskim, a do wybuchu I wojny światowej, kościół miał nawet polskiego księdza.
W 1922 roku, dokładnie 200 lat po zawiązaniu się katolicyzmu w Szczecinie, świątynia została podniesiona do rangi kościoła farnego. Niedługo później została sprowadzona tu relikwia św. Ottona.
Historia naznaczyła kościół podczas II wojny światowej. Z tym miejscem wiąże się niestety bardzo tragiczne wydarzenie: W latach czterdziestych, Gestapo przeprowadzało na Pomorzu antykatolicką akcję pod kryptonimem Fall Stettin. Na celowniku znaleźli się katoliccy duchowni i wierni. Księża Herbert Simoleit, Karol Lampert i Friedrich Lorenz, którzy pracowali w tym kościele zostali aresztowani i ścięci po długotrwałych torturach. Dzisiaj znajduje się tutaj tablica upamiętniająca ich męczeńską śmierć.
Podczas wojny, został też zniszczony dach świątyni, wieża i dzwonnica. Dźwigający się z popiołów Szczecin odbudował kościół, jednak nie od razu. Pierwotny kształt wieży - z charakterystycznym hełmem - został zrekonstruowany dopiero w latach osiemdziesiątych.
Znajdują się tutaj trzy dzwony z 1880 roku - „św. Jan Chrzciciel”, „św. Otton” i „św. Bonifacy”. Wieża posiada liczne architektoniczne ozdobniki. Jednymi z ciekawszych są rzygacze w kstałcie skrzydlatych smoków.
Wewnątrz świątyni występują sklepienia gwiaździste i krzyżowo-żebrowe. Neogotycka ambona pochodzi z 1890 roku. Centralna część tryptyku na ołtarzu głównym przedstawia wizerunek Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz świętych Jana Chrzciciela i Jakuba. Z kolei na skrzydłach obrazu znajdują się postacie świętych Ottona i Wojciecha. Warte uwagi jest niebieskie sklepienie nad prezbiterium z wizerunkami proroków oraz pokaźne witraże za głównym ołtarzem.

W 2008 roku, decyzją papieża Benedykta XVI, kościół św. Jana Chrzciciela otrzymał tytuł bazyliki mniejszej.