Historia kościoła św. Jana Ewangelisty rozpoczyna się w średniowieczu i jest mocno powiązana z zakonem franciszkańskim. To właśnie bracia zakonni, którzy przybyli do Szczecina z Westfalii około roku 1240, na otrzymanym za sprawą księcia Barnima I Dobrego terenie, budują klasztor oraz niewielki kościół.
Świątynia, która do dzisiaj stoi nad Odrą była wznoszona etapami. Wiele wskazuje na to, że prezbiterium powstało w okolicach 1300 roku, natomiast korpus to prawdopodobnie druga połowa wieku XIV. Trzeci etap budowy datowany jest na pierwszą połowę XV wieku – wtedy miały powstać kaplice między szkarpami.
Reformacja była bezpośrednią przyczyną opuszczenia miasta przez franciszkanów (1527 rok) – większość parafian przyjęła luteranizm. Od tego momentu, aż do zakończenia II wojny światowej, kościół pozostanie świątynią ewangelicką. W połowie XVI wieku, część budynków klasztornych zaadaptowano na potrzeby szpitala św. Jana.

Podczas konfliktu szwedzko-brandenburskiego (1677), budowla została uszkodzona. W tym czasie pełniła też funkcję kościoła garnizonowego dla stacjonujących w Szczecinie wojsk szwedzkich. Pod koniec stulecia częściowo rozebrano klasztor, a z pozyskanych materiałów powstała ambona i chór muzyczny wewnątrz świątyni.
Kolejny dramatyczny okres, to czas wojen napoleońskich. Kiedy Szczecin znalazł się pod okupacją francuską (1806 – 1813), kościół został zamieniony na magazyn żywnościowy. Ze świątyni zniknęło całe wyposażenie, zniszczeniu uległo wiele zdobiących jego wnętrza polichromii.
W XIX wieku aż trzykrotnie zamykano go ze względu na bardzo zły stan techniczny – budynek groził zawaleniem. W mieście trwały spory, co należy zrobić z budowlą. Ze względu na spore koszta remontu, coraz śmielej myślano o jego rozbiórce. Jednak przeciwko temu pomysłowi wystąpił niemiecki konserwator i historyk, prof. Hugo Lemcke. To właśnie za jego sprawą w kościele zostały wykonane prace konserwatorskie, które ocaliły go przed zniszczeniem.
Świątynia w znacznej części przetrwała naloty bombowe z czasów II wojny światowej – zniszczeniu uległy sąsiednie budynki, które niejako osłoniły kościół. Naprawa uszkodzeń i kapitalny remont trwały od 1957 do 1958 roku. Od tego czasu, kościół należy do księży pallotynów.
Zachowane polichromie pochodzą z XV i XVI wieku. Przedstawiają m.in. chłopca z herbem Szczecina, Maryję w otoczeniu świętych oraz zaślubiny św. Katarzyny. W ścianie kościoła znajduje się także epitafium Henriciusa i Gertrudy Rabenstorpów (1378 rok).
Świątynia nie posiada wieży – miejsce łączenia prezbiterium i korpusu wieńczy niewielka sygnaturka. To charakterystyczny element dla średniowiecznej architektury. Na uwagę zasługuje też samo prezbiterium – trójprzęsłowe, jednonawowe, zakończone siedmiobocznie. Podobne rozwiązania były stosowane we francuskich katedrach wzniesionych w erze wczesnego gotyku.

Ołtarz, który znajduje się w kościele został zaprojektowany w latach sześćdziesiątych przez prof. Jana Piaseckiego. Jego wykonaniem zajął się Józef Murlewski. Barokowe organy zostały przywiezione z Mazowsza i pochodzą z drugiej połowy XVIII wieku.